فلایت کنترل به عنوان هسته و مغز متفکر تمامی مولتی روتورها و پهپادها شناخته میشود و کنترل کامل پرنده را در اختیار اپراتور قرار میدهد. این سیستم مدیریت هوایی به کاربر اجازه میدهد تا با ارسال فرمانها از راه دور، تغییراتی را در رفتار پرنده اعمال کند؛ به عنوان مثال، با افزایش یا کاهش RPM، میتوان پرواز را تنظیم کرد. فلایت کنترلرها معمولاً به سنسورهای مختلفی متصل هستند که اطلاعاتی درباره وضعیت پرنده به اپراتور ارائه میدهند. در این بخش، انواع فلایت کنترلها از جمله فلایت کنترل SUPER QQ و فلایت کنترل CC3D ATOM ارائه میشود.